ファイルマネージャーでは、デフォルトで.（ドット）から始まるファイルは非表示に設定されています。
.htaccessなど、.（ドット）から始まるファイルを表示したい場合は、次の手順での操作をお願いいたします。
非表示ファイルを表示する方法
１）cPanelにログインします。cPanelへのログイン方法はこちらをご参照下さい。
２）ファイル＞ファイルマネージャーをクリックします。ファイルマネージャーが起動します。
３）右上の設定をクリックします。
４）基本設定画面が表示されますので、非表示のファイルの表示 (dotfiles)にチェックを入れ、Saveをクリックします。
５）以上でファイルマネージャーで非表示ファイルが表示されるようになります。