はい、CGI(Perl)はどのフォルダでも動作いたします。 ただし、標準で設置されているcgi-binフォルダにつきましては、セキュリティ上の理由により、CGIファイル以外を表示する事はできません。 それ以外のフォルダでしたら制限なくご利用いただけます。