アップロードのファイル制限数はございませんが、FTPでフォルダ内のファイル名を取得する際の制限は存在いたします。
大量のファイルをアップロードする場合の手順
FTPソフトでエラーが発生しない場合
9000毎くらいに区切ってアップロードしてください。
FTPソフトでエラーが発生してしまう場合
ZIP等で圧縮してからアップロードし、ファイルマネージャーで展開してください。
1)cPanelにログインします。
2)ファイルマネージャーを開きます。ファイル >ファイルマネージャーをクリックします。
3)Zipファイルをアップロードします(ファイルマネージャーでアップロードする場合は、サイズに制限があります。アップロード時に画面表示されますのでご確認ください)。
4)アップロードしたファイルを選択し、抽出をクリックします。
ダイアログが表示されますので、確認してExtract File(s)をクリックしたら、再読み込みをクリックしてください。